Тёплы сероводородные источники уже испокон веков составлют экономическую основу города, рассположенного на склонах термальных альп. Освоения восточной и северной окраин города, восходят к каменному веку (культура баденер). На рубеже веков, после создания провинции под названием Панония, Баден стал римским местом для купания (о чём свидетельствуют найденные при археологических раскопках остатки черепица 10-го и 14-го легионов и руины домов). В "Itinerarium Antonini" (карта улиц, 3.век до Рожд. Хр.) Баден обозначен как "Aquae", а после переселения народов (869 г.) назывался „Padun“.

В 15.веке после расцвета в мирном времени город понёс большие потери во время правления венгерского короля Маттиаса Корвинуса (1477г. и 1482г.). Для улучшения экономического положения Фридрих II присвоил городские права (1480 г.).

Турецкие войны (разрушения в 1529г. и в 1683г.), реформация, чума (1713г.) и опустошительный пожар (1714г.) снова и снова разрушали город. В 18.веке вместе с завоеванием первоначального источника термальной водой и Херцогхофа, город начинает целеустремлённую курортную политику. Благодаря императору Францу I, который каждое лето с 1796г. по 1834г. проводил в Бадене и провозгласил его своей летней резиденцией, курортная политика города обрела особый импульс. Франц I ввёл такие понятия как поместье, высшая аристократия, мир искусства, дворяне, которые здесь строили летние дворцы или снимали себе квартиры. Баден прославляли такие громкие имена как император Франц I, герцоги Карл, Вильгельм, Антон, Ойген и Райнер, императрица Мария Луиза (жена Наполеона), Грильпарцер, Швинд, Моцарт, Шуберт, Ланнер, Штраус, Миллёкер, Целлер, Комцак...Но среди них, как одинокий апогей, возвышается имя Бетховена, которого привязывает к городу "9-тая симфония" и "Missa solemnis". Значительные части этих произведений были написаны в Бетховен Хаус. Вследствие большого пожара в 1812г., после которого требовалось полностью новое восстановление города, Баден приобрёл стиль Бидермайер и своё первое время роскоши (архитектор Корнхойзель). Смерть императора Франца I нанесло тяжёлый удар городу, но строительство Южной железной дороги открыло Бадену большие новые возможности, и в конце 19.веке город стал фешенебельным курортом Австро-Венгерской монархии. При слиянии Леесдорф, Гутенбрун и Вайкерсдорф Баден получил сегодняшнюю протяжённость.

В Первой мировой войне Баден опять получает мировое пилитическое значение. С 1916 по 1918 года здесь располагалась ставка верховного главнокомандующего вооружёнными силами Австро-Венгрии, императора Карла I. После войны Баден обрёл свой титул мирового курорта и получил название "Австрийский Карлсбад".

Во время Второй мировой войны Баден являлся городом-лазаретом. 2.апреля 1945г. в последние часы войны была начата бомбовая атака, принесшая большие разрушения городу. На следующий день Красная Армия заняла город, впоследствие он стал главным штабом русских оккупационных сил. В то время Баден утратил связь с австрийским туризмом.

С 1955г. по 1965г. были проведены импровизированные востановительные работы, в ходе которых люди старались своими силами и средствами восстановить "останки". Поэтапно многочисленные дома были обновлены, реставрированы или заново построены. Так Баден стал современным городом в старинном обличье и завоевал снова статус одного из главных туристических курортов Австрии.